La date exacte d'introduction de la doctrine bouddhiste n'est pas établie. Le bouddhisme serait apparu au japon entre 538 et 552 date à laquelle le roi du Paekche (Corée) aurait envoyé une délégation à l'empereur Kimmei du Yamato à Asuka pour lui demander dans une missive (exposant les préceptes bouddhiques) un soutien  face à son belliqueux voisin le Silla.

En 562 la perte des possessions japonaises en Corée et le rapatriement voir la fuite de certains artistes et poètes face à la guerre favorisa encore un peu plus l'entrisme de cette nouvelle religion.

L'arrivée du bouddhisme fut bientôt le prétexte à querelle. Ayant dans un premier temps surtout atteint les couches sociales les plus hautes de la société, le peuple restant plus ou moins hermétique à cette nouvelle confession, des rivalités claniques apparurent entre Shintô et Bouddhiste plongeant le japon dans un état de guerre civile plus ou moins permanent.

Le clan des Mononobe favorable au Shintô s'opposait au clan Soga qui visait à introduire le bouddhisme comme religion d'état. En 587 les Soga écrasèrent le clan des Mononobe, la cour entière se convertie et le bouddhisme devint sous la régence de Shôtoku la religion d'état. Shôtoku s'inspira des lois bouddhique pour écrire sa constitution en 17 articles et en 607 après avoir repris les relations avec la chine il envoya plusieurs missions qui revinrent avec, entre autre, nombre de textes religieux et philosophiques. Le bouddhisme continua à être encouragé sous l'empire des Taïka.

En 653 Dôshô, religieux revenant de Chine, rapporta les enseignement de la secte Hossô, en 658 ce fut le retour des religieux Chitsû et Chitatsu, chaque nouvelle expédition rapportant de nouvelles idées, pratiques et évolutions dans la pensée bouddhiste.

En 749 fût érigé le Daibutsu au temple Tôdai-Ji à Nara.

Au VIII^e  siècle s'établirent à Nara six sectes bouddhistes qui allaient prendre une importance et un pouvoir considérable. Ces six sectes (Kusha-shû, Jôjitsu-shû, Hossô-shû , Sanron-shû, Ritsu-shû) s'appuyaient  chacune sur des écrits différents dont le peuple fut totalement imperméable.

Face à la montée en puissance de ces sectes l'empereur Kammu missionna certains religieux afin de rapporter de nouvelles doctrines de Chine.  Ce fut le cas de Saichô fondateur de la secte Tandaï et de Kûkai fondateur de la secte Shingon. Bien que ces deux  nouvelles sectes furent plus syncrétiques que les précédentes elles ne touchaient toujours pas le peuple aussi l'amidisme (culte d'Amida, un bouddha), promettant le salut de tous et de pratique  beaucoup plus simple, apparu t-il. 

Deux grandes sectes apparurent par la suite, souvent par réaction face à la décadence du pouvoir en place tout en étant imprégné d'Amidisme: le Nichiren-shû et le Jôdo Shin-shû. (nota: le Zen-shû (le zen - 禅) apparu au Japon vers 1191.)

Par la suite le bouddhisme ne connu pas d'évolution notable, les sectes et les "sous-sectes" continuant à se créer, diviser... Sous l'ère Meiji peu favorable à la religion bouddhiste considérée comme étrangère (l'obligeant par la même à se restructurer) apparurent de nouvelle secte syncrétique tel que le Tenri-kyô. Certaines sectes "modernes" continuent de nos jours à se créer et se développer et peuvent compter plusieurs millions de fidèles.